Enquanto se recupera em um hospital militar de um ferimento recebido em serviço, Alex Shepherd é dispensado após a notícia de que seu irmão está desaparecido. Ele volta ao lar à pequena cidade à beira do lago de Shepherds Glen, mas tudo está diferente de quando ele saiu...
...seu pai se foi, sua mãe está catatônica, e a cidade está estranhamente quieta. Sua busca pela verdade o leva à sinistra Silent Hill e a segredos obscuros.
Com uma variedade de armas disponíveis Alex deve derrotar monstros horríveis e enigmas mortais para encontrar seu pai e revelar o mistério por trás do desaparecimento de seu irmão.